Fakultas Ekonomi Universitas Negeri Padang sebagai salah satu penyelenggara pendidikan tinggi di Provinsi Sumatera Barat memiliki beberapa Program Magister (S2) sebagai berikut :
- Pendidikan Ekonomi S-2 dengan menghasilkan Magister Pendidikan bidang ekonomi dan bisnis dengan gelar akademik Magister Pendidikan (M.Pd)
- Magister Manajemen (S-2) dengan tujuan menghasilkan Magister Manajemen dengan gelar akademik adalah Magister Manajemen (M.M).
- Magister Ilmu Ekonomi (S-2) dengan tujuan menghasilkan Magister Ilmu Ekonomi dengan gelar akademik Magister Ekonomi (M.E).